При одновременном применении теофиллина, который имеет узкий терапевтический индекс, и который метаболизируется прежде всего изоферментом CYP1A2, существует теоретическая опасность, что может повыситься концентрация теофиллина с последующим проявлением его токсических эффектов. Уровень теофиллина следует тщательно контролировать в первые недели после начала совместной терапии с пиксантроном.

Варфарин частично метаболизируется изоферментом CYP1A2, поэтому при его одновременном назначении с пиксантроном имеются теоретические опасения в отношении влияния, которое может оказать ингибирование метаболизма варфарина на его ожидаемое действие. Параметры коагуляции, особенно международное нормализованное отношение (МНО), должны контролироваться в первые дни после начала одновременной терапии варфарином и пиксантроном.

Амитриптилин, галоперидол, клозстип, ондансетрон и пропранолол метаболизируются изоферментом CYP1A2, поэтому существует теоретическая опасность, что при одновременном применении вышеуказанных препаратов с пиксантороном содержание этих лекарственных препаратов в крови может повыситься.

В исследованиях in vitro было обнаружено, что пиксантрон является субстратом мембранного транспорта белков P-gp/BRCP и ОСТ1, и препараты, которые ингибируют эти белки-транспортеры, возможно, могут снижать эффективность поглощения и выведения пиксантрона печенью.