Применяют внутрь в комплексной терапии при хроническом гастрите, язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки, при хроническом энтерите, хроническом колите, метеоризме, спазмах кишечника, поносе.

Местно - для полосканий при инфекционно-воспалительных заболеваниях полости рта и глотки (фарингит, тонзиллит, стоматит, гингивит).

В виде микроклизм применяется при спастическом колите, геморрое.

Не рекомендуется применять препараты ромашки аптечной одновременно с антикоагулянтами, так как содержащиеся в ромашке кумарины усиливают их эффект.