Не рекомендуется одновременное применение аталурена и в/в введение аминогликозидов, т.к. усиливается нефротоксический эффект последних. Также при такой схеме лечения возможно повышение уровня креатинина в сыворотке крови. После прекращения одновременного применения аталурена и аминогликозидов уровень креатинина возвращается к норме. На период лечения аминогликозидами для в/в введения рекомендуется прекратить прием аталурена и возобновить через 2 дня после окончания введения аминогликозидов. Поскольку механизм усиления нефротоксического эффекта аминогликозидов в присутствии аталурена неизвестен, применение других препаратов, обладающих нефротоксичностью, совместно с аталуреном не рекомендуется.

Аталурен является субстратом UGT1А9. В исследованиях in vitro при одновременном применении аталурена и индукторов метаболических ферментов, включая UGT1А9, наблюдалось снижение экспозиции аталурена на 29%. Рекомендуется соблюдать осторожность при одновременном применении аталурена и индукторов UGT1А9 (рифампицин).

В исследованиях in vitro аталурен ингибировал активность UGT1А9, транспортера органического аниона 1 (ОАТ1), транспортера органического аниона 3 (OAT3) и полипептидного транспортера 1B3 (OATP1B3). Следует соблюдать осторожность при совместном применении аталурена и субстратов ОАТ1 или OATP1B3 (осельтамивир, ацикловир, каптоприл, фуросемид, буметанид валсартан, правастатин, розувастатин, аторвастатин, питавастатин) в связи с риском увеличения концентрации этих препаратов.

Следует соблюдать осторожность при совместном применении аталурена и субстратов OAT3 (ципрофлоксацин). В клинических исследованиях экспозиция ципрофлоксацина в присутствии аталурена повышалась на 32%, а экспозиция адефовира - на 60%.